A diferencia de Microsoft Windows NT Server 4.0, Terminal Server Edition, no se pide al administrador que seleccione "Todos los usuarios" o "Este usuario" cuando utiliza la herramienta Agregar o quitar programas en Servicios de Terminal Server de Windows 2000. Además, si ejecuta un programa Setup.exe o Install.exe, se le pedirá que utilice la herramienta Agregar o quitar programas si no ha ejecutado el comando change user /install

La ejecución de cualquier programa distinto de Setup.exe o Install.exe puede hacer que un programa sólo funcione para el usuario que lo instaló.

Servicios de Terminal Server para Windows 2000 también puede funcionar en el modo de administración remoto. Este modo tiene un impacto mínimo sobre el rendimiento del servidor cuando el administrador sólo desea poder controlar el servidor de manera remota. En este modo, el comando change user /install o la herramienta Agregar o quitar programas no produce ningún efecto.

Puede cambiar del modo de administración remoto al modo de servidor de aplicaciones si quita y vuelve a instalar el servicio. Sin embargo, cuando realiza la instalación en el modo de servidor de aplicaciones, tiene que volver a instalar todos los programas para que funcionen correctamente. Esto es aplicable si anteriormente estaba utilizando el modo de servidor de aplicaciones, cambió al modo de administración remoto y ha vuelto al modo de servidor de aplicaciones.

Si cambia del modo de administración remoto al modo de servidor de aplicaciones, tiene que instalar también las secuencias de comandos de compatibilidad de aplicaciones para cualquier programa no preparado de forma nativa para varios usuarios